De uno a cinco billones de años atrás, se cree que Puerto Rico formaba parte de un continente que cubria toda la región del Caribe, que estaba unido a America y posiblemente a Europa y al que los geólogos llamaron Antilla.

Doscientos millones de años atrás, el continente llamado Antilla se separó de America y comenzó a sumergirse.  Solo picos y conos volcánicos quedaron sobre el agua. Puerto Rico, entonces, comenzó a tomar su forma actual, aunque su mayor parte eran planicies inundadas de agua.

Setenta millones de años atrás, movimientos de tierra y erupciones volcánicas, provocaron que se formaran las montañas y valles que hay hoy. Ahora Puerto Rico estaba unido a Repúblia Dominicana e Islas Virgenes, formando una inmensa isla. Luego se separó de Republica Dominicana, Islas Vírgenes, Vieques y Culebras, adquiriendo su forma actual.

Los primeros habitantes de Puerto Rico fueron indios americanos, conocidos en el caribe como "Tainos". Se cree que los Tainos eran descendientes de la gente Arauca de Sur América, quienes a su vez eran una rama de la familia de naciones "Guarani-Tupí" que vivian bien al sur.  Los Tainos perteneciron al Neolitico o finales de la Edad de Piedra. Estos vinieron de Venezuela y Guyana, particularmente de la boca del rio Orinoco. Los españoles utilizaron Tainos para comunicarse con los Araucas.

En 1493, en su segundo viaje Cristóbal Colón descubre la isla de Puerto Rico. En Noviembre 22,1493, Colón dejó a Puerto Rico y se dirigio hacia República Dominicana. Pasaron diez años hasta que regresaran los españoles a Borinquen. El Conquistador Vicente Yanez Pinzón llegó para explorarla. El comandante de la primera expedición,  Juan Ponce de León, repartio tierras (encomienda) e indígenas (encomendados) entre los españoles (encomenderos). Los indígenas fueron abusados y obligados a trabajar como esclavos y cuando el cacique Agueybana murió en 1511, su sucesor Agueybana II se rebeló contra los españoles causando la muerte a casi la mitad de los colonos.  A Ponce de León le succedió, Juan Cerón, quien organizó los "cabildos" o concilios municipales de Caparra y San Germán. Juan Cerón fue succedido por otro governador quien tambien maltrató a los indigenas provocando otra revuelda, liderada por "Cacimar" a quien se le unieron otros dos jefes indigenas. Estas batallas acabaron por eliminar la población indigena que ya habia sido diesmada por causa de enfermedades. Antes del final del siglo, ya los indigenas casi habian desaparecido.